Der E39 M5 mit dem S62 hat ebenfalls einige Schwachstellen, die vergleichbar mit den 6-Zylinder BMW M – Motoren sind.
Die Pleuellagerschalen verschleißen durch die hohen Drehzahlen oder aufgrund einer verstopften Ölpumpe durch ein Steuerketten-Schaden.
Die VANOS wird undicht und sorgt für Leistungsverlust und schlechtes Ansprechverhalten des Motors. Ebenfalls können die Schrauben vom VANOS-Getriebe reißen und in den Motor fallen.
Die Steuerkette wird gelängt, die V-Schiene bricht und Plastikteile verstopfen die Ölpumpe. Laute Geräusche am Motor sind zu hören.
Die Zylinderkopfdichtung reißt zwischen den Zylindern und führt zu einem Schaden am Zylinderkopf bzw. zu einem Stegbrand am Zylinder.
Die wichtigsten Wartungen am S62 aus dem E39 M5 sind der Wechsel der Lagerschalen (Pleuellager-Service), die VANOS-Überholung, der Steuerketten-Wechsel und das Wechseln der Zylinderkopfdichtung.
